該山最幹燥的地區，年降水量在山麓不足五十公釐，在高海拔區約為一百多公釐；在帕米爾和西藏諸山附近，年降水量增加到四百五十七公釐，在山（與北部平原交界的山）的低層，七月平均氣溫是二十五到二十八度，在一月不低於零下九度，然而在山的上部和西藏邊界，七月平均溫度低於十度，在冬季則常降至零下三十五度或更低。
昆侖山北坡屬暖溫帶塔裡木荒漠和柴達木荒漠，降水量小，隨著海拔的增高，暖溫帶荒漠過渡為高山荒漠，降水量隨之增加，雪線在海拔五千六百米至五千九百米，雪線以上為終年不化的冰川，冰川面積達到三千平方公裡以上，是中國的大冰川區之一，冰川融水是中國幾條主要大河的源頭，包括長江、黃河、瀾滄江（湄公河）、怒江（薩爾溫江）和塔裡木河。
昆侖山區有一百多種高等植物，但一般都是低矮的灌木類，野生動物都是高原特有的如藏羚羊、野犛牛、野驢等，新疆和田的昆侖山麓出產最高質量的美玉，從古代起就是中原地區玉石的主要來源，因此《千字文》提到“玉出昆崗”。
整座山遍佈著沙漠或至多可以名之為草原的地方的狀況制約植被的發展，許多地區有巖石沙漠構成，偶見的死水塘為諸如藏羚羊和藏巖羚羊以及大群野驢（騫驢）和成群的野犛牛等數種野生有蹄動物提供水草，在較為潮潤的西部山脈，大角野羊在高處的草原吃草，青綿羊、拉達克東方盤羊及高地山羊零星分佈於整個西部山區上部的巖石上，水道附近的柳叢常有棕熊，狼為當地特有，但雪豹就為罕見，許多候水鳥在季節遷徙中常出沒此處的湖泊。
盡管氣候和地形條件極端，昆侖山及毗鄰地區還是養育著常住及流動人口，北坡上有來自綠洲的維吾爾人，偶有蒙古人，藏北的南部，西藏遊牧民已經占用大片從前被放棄的草原牧場，從敦煌至拉薩的鋪設公路為青海居民區服務，從柴達木盆地狂風肆虐的沙灘崛起的現代城市格爾木，是一個鐵路終點，從塔裡木盆地綠洲而來的其他數條主要公路穿越昆侖叢山，卡車將蔬菜、建築材料、汽油和雜貨運至最僻遠的居民區，並將諸如石油、純堿和煤炭一類原料從產地運往附近城鎮。
昆侖泉位於昆侖河北岸著名的小鎮納赤臺正中，海拔三千七百米，是一泓優良的天然礦泉，被視為昆侖奇觀，納赤噴泉，一大一小，相距五十米，大泉在青藏公路路邊，泉眼周圍用塊石砌成外圓內八角形、高一米的泉臺，泉口直徑一點六米，泉眼水深一米，旁邊有一出口，昆侖泉泉水很旺，日夜不停地向外噴湧，不時翻起層層小浪花，並發出響聲，全年水溫恒定為二十度，泉池四周由花崗石板砌成的多邊形圖案，中央一股清泉從池地驀然噴湧而出，形成一個晶瑩透明的蘑菇狀，將無數片碧玉般的花瓣拋向四周，似一朵盛開的蓮花，又似無聲四濺的碎玉落入一泓清池，然後奔向滔滔的昆侖河。
至今在納赤噴泉還流傳著當年文成公主進藏時在此歇息的傳說，相傳文成公主遠嫁吐蕃時，隨身抬瞭一尊巨大的釋迦牟尼佛像，當公主一行來到昆侖山下的納赤臺時，由於山高路遙，人馬累得精疲力竭，於是，公主命令大隊人馬就地歇息，當夜做飯時，才發現附近沒有水，大傢隻好啃完幹糧，和衣而睡，第二天早上，人們醒來時，發現昨晚放釋迦佛像的山頭被壓成瞭一塊平臺，離平臺不遠的地方，一眼晶瑩的泉水噴湧而出，淙淙流淌，人們一下子明白，這是釋迦佛把山中的泉水壓瞭出來，虔誠信佛的公主為瞭表達對佛祖的敬意，把自己身上的一串珍珠拋在泉眼裡，泉水變得更加清涼甘甜，由此人們把納赤臺稱為“佛臺”，把昆侖泉稱之為“珍珠泉”，還有一個傳說是創造神凡摩赴昆侖山瑤池之畔的西王母壽宴後歸途中，飲興未艾，信手把樽暢飲西王母饋贈的瑤池瓊漿，金樽擲地，瓊漿四溢，其乘坐的蓮花神龕化為赤臺群山，溢出瓊漿化為昆侖泉，昆侖泉是昆侖山中最大的不凍泉，泉水是昆侖山冰雪融化後滲入地下流動噴湧出來的，不僅澄澈清冽，晶瑩透明，甘甜醇美，潔凈衛生，加上這裡海拔高，沒有污染，被譽為“冰山甘露”，該泉水屬低礦化度重碳酸氯化物、鈣鎂型礦泉水，它噴出地層前，在地下蘊藏潛流達二十餘年，從周圍環境中溶解鍶，鈣、鉀、碳酸氫根等對人體健康有益的化學元素，其中鍶含量達零點七毫克升，對治療高血壓、心臟病、動脈硬化等疾病有較好的療效，為優質、天然飲用礦泉水，現建有昆侖泉亭，亭內立有昆侖泉碑，是世界屋脊汽車探險線的必經之地，昆侖山道教聖境尋祖遊的重要景點之一。
昆侖山口地處昆侖山中段，格爾木市區南一百六十公裡處，海拔四千七百七十而米，相對高度八十到一百米，亦稱“昆侖山埡口”，是青海、甘肅兩省通往西藏的必經之地，也是青藏公路上的一大關隘，昆侖山口地勢高聳，氣候寒冷潮濕，空氣稀薄，生態環境獨特，自然景象壯觀，這裡群山連綿起伏，雪峰突兀林立，草原草甸廣袤，尤其令人感到奇特的是，這裡到處是突兀嶙峋的冰丘和變幻莫測的冰錐，以及終年不化的高原凍土層，冰丘有的高幾米，有的高十幾米，冰丘下面是永不枯竭的涓涓潛流，一旦冰層揭開，地下水常常噴湧而出，形成噴泉，而冰錐有的高一二米，有的高七八米，這種冰錐不斷生長，不斷爆裂，爆烈時，有的噴漿高達二三十米，並發出巨大的響聲，昆侖山口的大片高原凍土層，雖終年不化，但凍土層表面的草甸上卻生長著青青的牧草。每到盛夏季節，草叢中盛開著各種鮮艷奪目的野花，煞是好看。
昆侖山山口是青藏公路穿越昆侖山脈的必經之地，咽喉之所，是世界屋脊汽車探險線的必經之地，昆侖六月雪觀光的重要景點，許多過往行人來到這裡後，都要在此駐足觀賞一番。一九五六年四月，陳毅副總理在前往西藏途中路過昆侖山時，激情滿懷，詩興大發，當即寫瞭一首《昆侖山頌》，詩中寫道，峰外多峰峰不存，嶺外有嶺嶺難尋，地大勢高無險阻，到處川原一線平，目極雪線連天際，望中牛馬漫逡巡，漠漠荒野人跡少，間有水草便是客，粒粒砂石是何物，辨別留待勘探群。我車日行三百裡，七天馳騁不曾停，昆侖魄力何偉大，不以丘壑博盛名，驅遣江河東入海，控制五嶽斷山橫。
昆侖山口標記碑分為主碑、副碑、陪碑、雕塑、底盤五部分，材質為漢白玉。主碑高四點七六七米，是昆侖山口海拔高度的千分之一，碑底座用花崗巖塊石砌成九點六平方米基礎，象征她屹立在祖國九百六十萬平方公裡的堅實土地上，昆侖山口碑南側立有昆侖山口紀念碑及傑桑.索南達傑紀念碑，紀念這位為保護可可西裡野生動物而捐軀的藏族優秀兒子。
離昆侖山口不遠的東西兩側，海拔六千米以上的玉虛峰和玉仙峰亭亭玉立，終年銀裝素裹，雲霧繚繞，形成聞名遐邇的昆侖六月雪奇觀。玉虛峰，位於昆侖山口東面。這是一座海拔六千五百多米的雪山冰峰，峰頂高聳巍峨，山體通坡凍封雪裹，山腰白雲繚繞，看上去猶如一位銀裝素裹，亭亭玉立的女子，昂然挺立在群山之上。玉虛峰相傳為玉皇大帝的妹妹玉虛神女居住的地方，傳說當年玉皇大帝見昆侖山雄偉高大，氣勢軒昂，景象萬千，且離天庭很近，便在昆侖山頂修建瞭一座軒轅行宮，玉帝的妹妹玉虛得知後，很不服氣，說玉帝霸占的地方太多瞭，不僅占瞭天上，還要把地上的好地方也據為已有。玉帝沒有辦法，隻好把其中的一座山峰讓給瞭玉虛，玉虛便在這座山峰上為自己修築一座冰清玉潔、俏麗奇美的行宮，而且經常帶著眾姐妹到此遊玩，所以，這座山峰就叫玉虛峰。
昆侖橋又稱一步天險橋，位於格爾木南部的昆侖山下，距格爾木市約五十公裡，是青藏公路上的一大險關，昆侖橋飛架於一步天險之上，全長隻有四米多，是一鋼筋水泥大橋，昆侖橋之壯觀不在大橋本身，而在於橋下的飛巖絕壁和萬丈深澗，發源於昆侖山中的由雪水和泉水匯合而成的格爾木河，從海拔四千多米的高山峽谷奔流而下，滔滔的河水將河谷的千板巖長期沖刷穿鑿成瞭一條深四十多米、寬數米的石峽險谷，其中最窄處隻有四米左右，昆侖橋兩岸，絕壁相對，怪巖嶙峋，谷頂平坦，谷底幽深，形勢極為險峻。人們站在橋上俯身鳥瞰，但見湍流不息的河水，在深邃險峻的幽谷中急湍喧瀉，噴湧咆哮，不斷地激起層層雪白的浪花，發出陣陣猶如雷鳴般的轟鳴，真是令人望之目眩，聞之喪膽。